Leveransen av näringsämnen till växter, via aktiviteten i markens näringskedja, påverkas av vilket gödselmedel som använts. En grupp engelska forskare gjorde en litteraturgenomgång av befintliga studier kring hur biogödsel påverkar marklivet (markbiotan). Deras genomgång visade att mängden och sammansättningen av kolet i biogödseln har stor påverkan på markens mikrobiella omsättning samt näringsämnenas tillgänglighet för växter. Deras huvudsakliga slutsatser var:
- Biogödsel med låg kolhalt har liten effekt på markmikroorganismer, medan biogödsel med högre kolhalt ökar markmikrobiell artrikedom och mångfald.
- Lättnedbrytbart kol stimulerar snabbväxande bakterier, medan svårnedbrytbart kol förskjuter mikrosamhället till förmån för långsamt växande svampar och grampositiva bakterier.
- Daggmaskar, springstjärtar och nematoder som lever i markens ytlager kan påverkas negativt av biogödsel på grund av toxiska effekter när ämnen som ammoniak förekommer i höga koncentrationer.